血液病科是北京京都儿童医院的重点学科，整合国内优秀儿童血液资源，由国内儿童血液病领域知名专家、国务院特出贡献专家吴敏媛教授，北京京都儿童医院副院长孙媛教授为核心的专家团队组成。科室设有3个普通病区、2个移植病区、1个VIP病区、血液实验诊断中心、血液肿瘤门诊、PICC门诊、舒适化治疗中心等150张床位，百级洁净仓19个；以噬血细胞综合征、慢性活动性EBV感染、原发性免疫缺陷病、遗传代谢病、白血病、淋巴瘤、再生障碍性贫血、先天性骨髓衰竭、骨髓增生异常综合征、实体肿瘤（神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、横纹肌肉瘤、肝母细胞瘤、视网膜母细胞瘤等）等为专业治疗病种，以造血干细胞移植、基因治疗等为特色治疗方法，以“一切以病人为中心”为服务宗旨，以“和患儿一起创造美好明天”为理念，力争优质、高效地为患儿提供优质的诊疗服务。